La greffe fécale nous sauvera tous

Deux flacons de solutions à base de selles humaines destinées à la transplantation fécale. Photo via Wikimedia Commons

« Je pensais que ce serait un protocole lourd, que l'on m'endormirait et qu'il y aurait une armée de médecins. En fait, il y avait juste le Docteur Sokol et une infirmière. Le docteur est allé préparer les selles tout seul dans son laboratoire. Je n'ai pas eu l'impression qu'il ait beaucoup modifié le prélèvement. C'était bien marron… comme des selles, quoi. »

Avant qu'on ne lui insère un tuyau relié à un flacon contenant les excréments de son mari dans le rectum, Raphaëlle est venue un certain nombre de fois à l'hôpital Saint Antoine pour suivre des traitements plus conventionnels. Elle souffre d'une maladie chronique, la rectocolite hémorhagique (ou RCH), depuis l'enfance. C'est une maladie inflammatoire de l'intestin qui est malheureusement très répandue ( 40 000 Français sont affectés) et sacrément handicapante, mais qu'elle a apprise à gérer au fil des poussées inflammatoires. À 33 ans, Raphaëlle compte un peu moins d'une dizaine d'épisodes de fortes douleurs, de fatigues, et parfois de coliques sanglantes associées à la RCH.

En automne 2013, Raphaëlle a connu un épisode de RCH particulièrement sévère. Après un traitement antibiotique lourd à l'hôpital, ses troubles n'ont pas cessé, et il est apparu qu'une petite saleté très sournoise avait envahi ses intestins. « J'ai développé une infection au Clostridium difficile suite à une poussée de RCH », explique-t-elle. « Il y a eu un troisième ou un quatrième traitement, puis une nouvelle récidive. Ce n'était pas très agréable – j'avais des brûlures, des diarrhées - comme une grosse gastro. Je pesais 35 kg. »

Vue au microscope à balayage électronique du C. Difficile. Photo via WikiCommons

Présente un peu partout, souvent inoffensive, le Clostridium Difficile (ou C. Difficile) est une bactérie résistante aux antibiotiques qui peut envahir l'intestin de son hôte, quand, à la suite d'un passage à l'hôpital, par exemple, les autres bactéries intestinales y sont affaiblies. Les conséquences de l'infection incluent des diarrhées, des douleurs, mais aussi le risque de développer un mégacôlon toxique ou bien de subir une perforation des parois de l'intestin, voire même une péritonite, affection potentiellement mortelle nécessitant une opération chirurgicale immédiate. Aux États-Unis, on attribue près de 30 000 morts par an au C. Difficile. En France, le C. Difficile oblige environ 25 000 personnes à passer leurs nuits aux toilettes chaque année. En 2007 une épidémie de C. Difficile a même fait 25 morts dans le Nord-Pas-de-Calais.

Le paradoxe, c'est que, puisque le C. Difficile est une bactérie résistante aux antibiotiques, il peut être compliqué de le faire disparaître une fois qu'elle a commencé son invasion. Le seul traitement dont on dispose souvent consiste à l'arroser d'encore plus antibiotiques. Le risque de cercle vicieux est donc très réel – si le C. Difficile pointe le bout de son nez après un premier traitement antibiotique, le risque d'une récidive est de 15 % après un second traitement, 30 % après un troisième, et 50 % après un quatrième.

C'est ce scénario que Raphaëlle a connu en 2013. Après une violente poussée de RCH et un passage à l'hôpital, le C. Difficile a infecté son intestin. La bactérie a ensuite résisté à un premier traitement antibiotique, puis un deuxième, et un troisième sans que l'on puisse l'éliminer de manière pérenne. « On en est arrivés à un moment où je me suis dit : "je vais mourir, et si j'en réchappe je perdrais sans doute un bout de colon". Le Clostridium avait bousillé toute ma flore intestinale. La seule alternative, c'était de recoloniser mon colon… avec le microbiote sain de mon mari. »

Tout comme 200 à 300 personnes par an aujourd'hui, Raphaëlle a donc accepté de subir une opération de Transplantation du Microbiote Fécal (ou TMF), pratique aujourd'hui reconnue par la communauté scientifique. « Dans les formes récidivantes d'infection au C. Difficile, on peut proposer la TMF », explique le Docteur Harry Sokol, gastro-entérologue à l'Hôpital Saint Antoine et directeur d'une équipe de recherche à l'Inserm et à l'Inra. « Le concept est simple : on commence à taper sur le Clostridium avec des antibiotiques – et aussi sur la flore environnante, malheureusement – puis on "occupe le terrain" avec une flore normale. »

Dans la pratique, la TMF implique qu'une personne saine offre ses excréments à une personne malade afin de lui transmettre la micro-biodiversité bactérienne (le fameux « microbiote ») qui manque aux boyaux du malade. Le principe est le même qu'une greffe de rein – on remplace un organe malade par un organe sain – mais en moins glorieux : pour "administrer" les selles du donneur au patient, la pratique consiste bien souvent à les lui injecter dans l'intestin grâce à un tube en plastique (par le haut, ou par le bas comme ce fut le cas pour Raphaëlle), puis à laisser mijoter le temps que les bactéries du donneur s'installent chez l'hôte malade.

Le Docteur Harry Sokol, du service gastro-entérologie de l'hôpital Saint Antoine à Paris. Photo de l'auteur

Si ce traitement peut sembler un peu archaïque, c'est qu'il a des racines anciennes. On retrace ses origines au IVe siècle en Chine, où les greffes de selles sont encore utilisées pour soigner certaines diarrhées un peu tenaces. Mais contrairement à l'urinothérapie, autre pratique ancestrale qui nous vient d'Asie – très pratiquée par les Allemands mais totalement inefficace – la greffe de selles, elle, a fait ses preuves. Elle est utilisée de manière anecdotique en Occident depuis les années cinquante, avant de faire l'objet de rapports sérieux à partir des années 1980. Aujourd'hui, la TMF commence à se répandre – au point qu'elle est même réalisée à la maison par certains malades assez entreprenants, malgré les risques d'infection qu'elle comporte.

Une étude scientifique de 2013 a établi sans appel l'efficacité de la Transplantation de Microbiote Fécal, en environnement contrôlé, dans le traitement de l'infection au C. Difficile. Depuis, la pratique fait l'objet de recommandations internationales dans le traitement du C. Difficile. En France, l'Autorité Nationale de Sûreté du Médicament (ANSM) a émis en 2014 un document validant l'utilisation de cette pratique à des fins de recherche médicale.

En réalité, la science ne s'intéresse que depuis très récemment à la flore intestinale. « En recherche, ce sont souvent les progrès techniques qui permettent l'avancée des connaissances », explique le Docteur Sokol. Au tournant du XXI e siècle, les méthodes de recherche moléculaires permettent de redécouvrir les bactéries. C'est alors que quelques scientifiques et médecins, dont le docteur Sokol, commencent à faire de nouvelles découvertes sur le petit monde vivant, grouillant, et foisonnant qui peuple nos tripes.

Le Docteur Sokol en préparation de TMF. Photo publiée avec l'aimable autorisation du Docteur Sokol

« Pour les gastro-entérologues, c'est comme si on avait découvert un nouvel organe ; comme si les cardiologues avaient découvert un deuxième cœur ! » Le Docteur Philippe Seksik, est, comme le Docteur Sokol, un des pionniers de la recherche sur le microbiote en France. Également gastro-entérologue à l'Hôpital Saint Antoine et chercheur à l'Inserm, il se passionne depuis près de 20 ans pour cet élément méconnu de notre anatomie. Le terme « nouvel organe » n'est pas excessif : chaque être humain adulte héberge environ 1,5 kilogramme de bactéries dans ses intestins. C'est un élément du corps humain aussi complexe que mystérieux, dont on commence à peine à mesurer le potentiel pour la recherche médicale.

« Il y a des désordres microbiotiques dans tout un tas de maladies que l'on pourrait pallier grâce à une meilleure compréhension du microbiote, et peut-être grâce à des transplantations », explique le Docteur Seksik. « Comment ça marche ? Combien de temps ? On ne sait pas. Tout ce qu'on sait c'est que ça marche très bien dans certains cas. »

Les bactéries présentes dans nos intestins régulent la digestion, entretiennent des liens pour l'heure mystérieux avec le cerveau, et peuvent affecter le métabolisme. En fait, la flore intestinale représente quelque 500 000 gènes différents, un patrimoine 25 fois plus important que celui du corps humain. Ces bactéries, dont chaque être humain détient un assortiment unique, produisent de nombreuses molécules encore méconnues. Ce sont ces molécules qui intéressent la communauté scientifique, comme les industriels du monde pharmaceutique et du secteur agroalimentaire.

Les scientifiques qui se penchent sur le microbiote y voient un potentiel de guérison de troubles neuropsychiatriques : « Si vous prenez des maladies comme la dépression, la schizophrénie, ou l'autisme, il y a un certain nombre de travaux qui montrent que la flore intestinale des patients malades est différente de celle des sujets sains », avance le Docteur Sokol. « Cause, ou conséquence ? Ce qu'on sait, c'est que, chez les souris, quand on modifie la flore intestinale, ça influe sur le comportement et sur le fonctionnement du cerveau. » Parmi les molécules produites par la flore intestinale, on sait que certaines ressemblent à, ou bien sont, des neurotransmetteurs. On pourrait donc agir sur le cerveau, et guérir des troubles neurologiques, en touchant aux intestins. Ce que les tests du Docteur Sokol semblent confirmer.

De nombreuses entreprises privées se penchent donc très sérieusement sur de multiples aspects du microbiote. Aux États-Unis, une société a développé des pilules à base de selles humaines pour traiter des troubles digestifs comme le C. Difficile, ce qui représente un traitement tout de même moins intrusif pour le patient que l'introduction d'une canule dans l'anus. Une banque de selles, OpenBiome, a été créée en 2013 dans le Massachusetts afin de collecter et conserver des échantillons destinés à la recherche ou la transplantation. Des deux côtés de l'Atlantique, des sociétés se spécialisent dans la TMF, dans l'analyse de selles et du microbiote, ou encore dans l'identification de molécules d'intérêt parmi la galaxie de micro-éléments présents dans nos intestins.

Photo publiée avec l'aimable autorisation du Docteur Sokol

Les entreprises du monde pharmaceutique cherchent donc dans nos intestins les molécules qui pourraient guérir le cancer ou la schizophrénie. Les géants de l'agroalimentaire eux, cherchent les molécules qui pourraient remplacer bifidus, oligo-éléments, et autres compléments alimentaires à mi-chemin entre apports réels pour l'organisme et argument marketing. « Certaines sociétés américaines font des valorisations gigantesques ! » affirme le Docteur Rimbaud, qui confirme que des millions d'euros et de dollars sont investis dans cette industrie naissante. En France, le Docteur Rimbaud gère deux jeunes sociétés à la pointe de l'innovation dans le domaine. Enterome s'intéresse aux outils d'analyse du microbiote, tandis que MaatPharma développe des kits de transplantation autologue de selles, à destination des laboratoires et des hôpitaux.

« D'ici quelques années », explique le Docteur Rimbaud, « le patient qui entre à l'hôpital pourrait être amené à produire un échantillon de selles qui lui seraient administrées à sa sortie, afin de réduire le risque d'infections à la suite de son séjour à l'hôpital. » La transplantation autologue existe déjà dans d'autres domaines, notamment pour administrer un échantillon de leur propre sang à des malades cancéreux après une chimiothérapie. L'avantage, concernant le sang comme les selles, c'est que l'on réduit le risque d'infections et de rejets associé aux greffes. Si le Docteur Rimbaud souhaiterait nous voir tous déféquer dans un bocal à notre entrée à l'hôpital, c'est parce que cela permettrait de réduire le risque d'attraper des maladies nosocomiales, dont le C. Difficile fait partie.

Mais la transplantation fécale n'est pas sans danger. Outre le risque de voir des milliers de patients effectuer des transplantations « fait maison » – « dégueulasse et dangereux, » selon le Docteur Sokol – cette avancée scientifique pourrait être pervertie par les desseins des industriels. Désireux de monétiser trop rapidement ses apports, il n'est pas certain que les répercussions à long terme de la manipulation à outrance de nos microbiotes soient prises en compte par les grands noms du secteur pharmaceutique ou agroalimentaire – les épisodes de la vache folle, de poulet à la dioxine ou encore du Mediator ne sont que les plus saillants dans la longue liste des conséquences néfastes des choix irréfléchis ou court-termistes de certains industriels.

À moins que les progrès scientifiques sur le microbiote, dont la TMF est un fer de lance, ne soient tout simplement brisés dans l'œuf par les autorités sanitaires. « Tout le monde veut se faire du fric avec cette nouvelle technologie, » explique le Docteur Rimbaud. « Mais ça ne va pas se faire comme ça, parce que les autorités freinent la transplantation fécale à tout va. » Et pour cause, la banque de selles OpenBiome risque de fermer à cause des récentes législations américaines en la matière. En France, la législation actuelle permet un flou juridique quand à la TMF – autorisée pour la recherche, mais pas pour le traitement – du moins en théorie.

Le bien-être de milliers de patients comme Raphaëlle pourrait dépendre des législations futures. Pourtant, pour eux, la TMF a été une thérapie miracle. « Passé le dégoût initial, j'ai trouvé ça beau, que l'on puisse se soigner avec des méthodes aussi naturelles », raconte-t-elle. Dès le lendemain, je suis sortie de l'hôpital et je n'avais plus aucun symptôme – cette saloperie d'infection était enrayée. Si quelqu'un me demande à propos de la greffe : "est-ce que je le fais ?" Je répondrais sans hésiter : "vas-y sans te poser de question !" »

Pierre-Eliott est sur Twitter.